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Comienzas en la ciudad de Littleroot, donde el Profesor Beryl, un renombrado experto en Pokémon, te ha convocado a su laboratorio. Al llegar, notas que hay un gran revuelo en la ciudad, ya que un misterioso Pokémon legendario ha sido avistado en las cercanías.
Una vez que hayas elegido a tu Pokémon, el Profesor Beryl te dará un mapa de la región de Boral y te explicará que tu misión es explorar la región, capturar nuevos Pokémon y luchar contra los líderes de gimnasio para obtener las medallas necesarias para enfrentar al Campeón de la Liga Pokémon.